संस्थान ने 1928 से क्षेत्रीय स्टेशनों का एक समूह बनाए रखा है। इन स्टेशनों को शुरू में कपास के प्रयोगात्मक उपभेदों की प्रारंभिक जांच के उद्देश्य से महत्वपूर्ण कपास प्रजनन केंद्रों में क्षेत्र इकाइयों के रूप में स्थापित किया गया था। ये इकाइयां विकास के तहत कपास की नई किस्मों के तन्तु गुणों के लिए परीक्षण कर रही थीं। भले ही समय के साथ उन स्थानों पर जहां क्षेत्रीय इकाइयों ने काम किया हो, बदलाव आए हैं, फिर भी वे भारत में कपास अनुसंधान का एक महत्वपूर्ण घटक बने हुए हैं। वर्तमान में यह संस्थान सिरसा, सूरत, नागपुर, गुंटूर, धारवाड़ और कोयम्बटूर में क्षेत्रीय केंद्रों का रखरखाव करता है। नागपुर इकाई में ओटाई प्रशिक्षण केंद्र(जीटीसी) और अन्य सुविधाएं भी हैं।