मुंबई स्थित मुख्यालय के अलावा संस्थान की छह (6) क्षेत्रीय इकाइयां हैं, जो नागपुर, कोयंबटूर, सिरसा, सूरत, गुंटूर और धारवाड़ में स्थित हैं।
निदेशक संस्थान का नेतृत्व करते हैं। संस्थान के चार अनुसंधान विभाग, प्रशासन, वित्त और लेखा अनुभाग तथा विभिन्न समितियों जैसे; संस्थान प्रबंधन समिति, प्राथमिकीकरण, अनुवीक्षण और मूल्यांकन समिति, अनुसंधान सलाहकार समिति, संस्थान अनुसंधान परिषद, संस्थान संयुक्त कर्मचारी समिति और शिकायत समिति आदि के सहकार्य से निदेशक संस्थान का प्रबंधन करते हैं। पुस्तकालय, कृषि ज्ञान प्रबंधन इकाई और परीक्षण गृह जैसी सेवा इकाइयों की मदद से सूचना, अनुसंधान डाटा बैंक रखरखाव, परीक्षण-सेवा और अनुसंधान पूरक सेवाएं उपलब्ध कराईं जाती हैं। चार मुख्य विभागों यानि गुणवत्ता मूल्यांकन और सुधार विभाग, यांत्रिकी प्रक्रिया विभाग, रासायनिक एवं जैव-रासायनिक प्रक्रिया विभाग और प्रौद्योगिकी हस्तांतरण विभाग द्वारा अनुसंधान, परामर्श, प्रशिक्षण, परीक्षण और प्रौद्योगिकी हस्तांतरण की सेवाएँ प्रदान की जाती है।
अनुसंधान कार्यक्रमों को पांच व्यापक मूल क्षेत्रों में वर्गीकृत किया गया है;
लघुरूप
एमपीडी : यांत्रिकी प्रक्रिया विभाग
क्यूईआईडी : गुणवत्ता मूल्यांकन और सुधार प्रभाग
सीबीपीडी : रासायनिक और जैव रासायनिक प्रसंस्करण प्रभाग
ईटीटीडी : प्रौद्योगिकी हस्तांतरण विभाग