संस्थान की अनुसंधान गतिविधियों को चार शोध प्रभागों के माध्यम से संचालित किया जाता है।
गुणवत्ता मूल्यांकन और सुधार प्रभाग (क्यू ई आई डी)
क्यू ई आई प्रभाग कपास की विभिन्न पहलुओं की गुणवत्ता के मूल्यांकन के लिए अत्याधुनिक उपकरणों से सुसज्जित है। क्यूईआईडी संवर्धित फाइबर विशेषताओं के साथ उपभेदों को विकसित करने के लिए प्रजनकों को विभिन्न प्रकार के विकास के हर चरण में तकनीकी इनपुट प्रदान करती है। उपरोक्त के अलावा, प्रभाग उद्योगों और मशीन निर्माताओं को अंशांकन कपास प्रदान करता है। यह प्रभाग व्यावसायिक परीक्षण के माध्यम से व्यापार और उद्योगों के लिए अपनी सुविधाओं का विस्तार करता है और संस्थान के लिए संसाधन निर्माण की दिशा में योगदान देता है। यह प्रभाग किसानों और उद्योग के बीच सेतु का काम करता है।
यांत्रिक प्रसंस्करण प्रभाग (एम पी डी)
सी आई आर सी ओ टी का यांत्रिक प्रसंस्करण प्रभाग कपास के यांत्रिक प्रसंस्करण के विभिन्न चरणों पर अनुसंधान और विकास के लिए अत्याधुनिक कपास प्रसंस्करण मशीनरी से सुसज्जित है। यह प्रभाग कपास पर अखिल भारतीय समन्वित अनुसंधान कार्यक्रम (ए आई सी आर पी – कपास) के तहत प्रजनन कार्यक्रमों से प्राप्त कपास के नमूनों की कताई की क्षमता के मूल्यांकन में भी महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है और इसके द्वारा देश के कपास प्रजनन कार्यक्रम में मदद करता है।
रसायनिक और जैव रसायनिक प्रसंस्करण प्रभाग (सी बी पी डी)
आई सी ए आर – सी आई आर सी ओ टी (CIRCOT) का रसायनिक और जैव रसायनिक प्रसंस्करण प्रभाग (सी बी पी डी) पूर्व-उपचार, रंगाई, कपास का परिष्करण और मिश्रित वस्त्र, इको- परिक्षण और रसायनिक प्रसंस्करण, कपास के उपोत्पाद और बायोमास उपयोग के लिए अनुसंधान, सूती वस्त्रों के कार्यात्मक परिष्करण के लिए नैनो पदार्थ और प्लाज्मा उपचार तथा कपास लिंटर से ऊर्जा-कुशल नैनो सेलूलोज़ उत्पादन और उनके अनुप्रयोगों के क्षेत्र में मूल, प्रायौगिक और सामरिक अनुसंधान करता है।
प्रौद्योगिकी हस्तांतरण प्रभाग (टी टी डी)
प्रौद्योगिकी हस्तांतरण किसी भी शोध संगठन का सबसे महत्वपूर्ण घटक है। किसी संस्थान द्वारा प्रौद्योगिकी विकास की सफलता लक्षित हितधारकों को प्रौद्योगिकी हस्तांतरित करने और अपेक्षित सामाजिक और आर्थिक प्रपांतरण लाने के द्वारा प्राप्त की जाती है। प्रौद्योगिकी हस्तांतरण प्रभाग की गतिविधियों में निम्नलिखित शामिल हैं: